Junko Naito is sinds december 2002 als eerste violiste verbonden aan het Concertgebouworkest.
Junko Naito studeerde aan de Tokyo National University of Fine Arts. In 1996 kwam ze naar Nederland om aan het Utrechts Conservatorium bij Viktor Liberman te studeren. Daar studeerde zij in 1998 met de hoogste onderscheiding af als uitvoerend musicus. Nog tijdens haar studie won ze in Tokio de O.E.K. solistenprijs, om haar debuut te maken in de prestigieuze Suntory Hall.
Als solist trad zij onder dirigenten als Hiroyuki Iwaki in Japan en Duitsland veel op met klassiek en modern repertoire. In september 2014 kreeg Junko Naito de Iwaki Award, een prijs voor uitmuntende musici die ingesteld is ter nagedachtenis aan Hiroyuki Iwaki.